MAAD：多维抗病毒抗体数据库

本研究开发并介绍了多维抗病毒抗体数据库，这是一个集成了序列、结构及功能数据的综合平台，专注于三种高影响RNA病毒家族的抗体数据。MAAD不仅是一个经过标准化注释的数据资源库，更通过一系列交互式分析模块，支持抗体工程、基于结构的疫苗设计和AI驱动的抗体发现。

要点总结：

数据库内容与规模：MAAD系统性地汇集并注释了来自805篇同行评议文献和140项专利的27,414个抗体、纳米抗体和单链可变区片段条目，覆盖了三种高影响RNA病毒家族：冠状病毒科、正黏病毒科和肺病毒科中的关键病原体。

标准化注释与整合：每个条目均提供标准化的元数据，包括序列、抗原靶点、结合/中和活性、CDR区域、V/J种系基因使用情况、体细胞高频突变以及对应的结构信息，实现了序列-结构-功能数据的整合。

交互式分析模块：平台提供了强大的交互分析工具，包括：

序列分析：支持基于全长或CDR区的相似性搜索、种系基因使用模式分析、CDR3序列标志图绘制等。

结构分析：整合了1,394个抗原-抗体复合物结构，可交互式可视化界面残基，并标注位点特异性香农熵和突变频率，以解析免疫逃逸热点。

系统发育聚类：实现基于序列的系统发育树构建，可将未经验证的抗体与功能已知抗体进行聚类，辅助功能推断。

独特见解与发现：通过分析揭示了不同病毒抗体在种系基因使用偏好上的共性与特异性，例如IGHV3-21在RSV抗体中富集，而IGHV1-69和IGHV3-30在多种病毒抗体中广泛使用。界面残基的熵分析则直观展示了关键的免疫逃逸区域。

应用与意义：MAAD超越了静态数据存储库的角色，为理性抗体设计、疫苗优化、AI模型训练以及抗体进化研究提供了动态、多功能的平台。其模块化架构和标准化数据结构也为未来整合更多定量实验数据和扩展病原体范围奠定了基础。

总体意义：

通过构建这一全面、开放且具有强大分析功能的数据库，该研究极大地促进了对抗病毒抗体序列-结构-功能关系的系统性理解，为应对当前及未来的病毒威胁提供了重要的数据资源和研究工具。