image: Map of municipalities in the state of São Paulo indicating locations where natural Sabiá virus (SABV) infections were detected. Case 1 (1990) occurred in Cotia, and Case 2 (1999) occurred in Espírito Santo do Pinhal. Cases 3 and 4 are from 2019 and 2020 and are from patients in Sorocaba and Assis. Taken together, the data indicate the silent circulation and genetic diversity of SABV over time
Credit: Ingra M. Claro/FM-USP
El virus Sabiá, causante de un síndrome hemorrágico agudo y neurológico que ha tenido cuatro casos fatales registrados desde 1990 en el estado de São Paulo, circula desde hace aproximadamente 142 años en Brasil. Los análisis genómicos de dos casos registrados en 2019 y 2020 muestran además que el virus presenta variación genética a lo largo del tiempo y, por ello, no fue identificado por las pruebas existentes.
Los resultados forman parte de un estudio publicado en la revista PLOS Neglected Tropical Diseases, realizado por investigadores del Centro Conjunto Brasil-Reino Unido para Descubrimiento, Diagnóstico, Genómica y Epidemiología de Arbovirus (CADDE), un centro de estudios apoyado por la FAPESP y con sede en la Facultad de Medicina de la Universidad de São Paulo (FM-USP) y en el Imperial College London en Reino Unido.
“La cepa de referencia del virus Sabiá es de 1990, de un caso en Cotia. El método diagnóstico fue desarrollado a partir de ese genoma. Como ya han pasado más de 30 años, era bastante probable que el virus se hubiera modificado. No tenemos tantas ocurrencias como para realizar nuevas validaciones de este método, pero puede utilizarse en futuros casos sospechosos con mayor precisión que las pruebas empleadas hasta ahora”, afirma Ingra Morales Claro, quien realizó el trabajo durante su doctorado con una beca de la FAPESP en la FM-USP y actualmente realiza un posdoctorado en la University of Kentucky en Estados Unidos.
Los primers desarrollados por el equipo, pequeños fragmentos de ADN utilizados para detectar el virus en pruebas de laboratorio, fueron enviados al Instituto Adolfo Lutz, en São Paulo, referencia en el estado para este tipo de análisis.
Los genomas recuperados del virus Sabiá presentaron cerca de un 89 % de identidad genética en comparación con cepas descritas previamente en 1999, cuando se registró el segundo caso de la historia. “Al analizar el genoma de los nuevos casos, identificamos mutaciones en regiones blanco de los primers que impidieron la detección mediante las pruebas diagnósticas existentes. Modificamos esas regiones y ahora es posible identificar las cepas circulantes”, explica Claro.
El CADDE es coordinado en Brasil por Ester Sabino, profesora de la FM-USP responsable de la primera secuenciación del SARS-CoV-2 en el país, en marzo de 2020, y del virus mpox, en 2022 (lea más en: agencia.fapesp.br/32671, agencia.fapesp.br/35426 y agencia.fapesp.br/38945). En el Reino Unido, el centro es coordinado por Nuno Faria, del Imperial College London.
Su equipo coordinó el proyecto ZiBRA, que secuenció el virus Zika, mapeó el brote de fiebre amarilla y su dispersión en Brasil y en São Paulo, además de haber coordinado, junto con Sabino, la primera caracterización de la variante Gamma del SARS-CoV-2 en Manaos (lea más en: revistapesquisa.fapesp.br/es/trasponer-fronteras/ y agencia.fapesp.br/35481).
Cómo interactúa el virus con las células humanas
El caso de 2020 de infección por el virus Sabiá fue identificado mediante análisis metagenómico, una técnica que permite detectar diferentes microorganismos directamente en una muestra, sin necesidad de saber previamente qué virus se busca. El virus estaba presente en la sangre de un paciente de 52 años de Sorocaba. El método utilizado fue un enfoque rápido de metagenómica desarrollado durante el doctorado de Claro, lo que permitió la detección ágil de patógenos emergentes en muestras clínicas.
Con antecedentes de caminatas por áreas forestales, el hombre buscó atención en una unidad básica de salud el 30 de diciembre de 2019 y fue transferido al Hospital de Clínicas de la FM-USP en São Paulo con sospecha de fiebre amarilla, donde falleció el 11 de enero de 2020. Las pruebas iniciales dieron negativo para fiebre amarilla y para el virus Sabiá.
Después de detectar el virus en pruebas posteriores, los investigadores analizaron muestras de sangre de otros siete casos previos de síndrome hemorrágico agudo y neurológico que habían dado negativo para fiebre amarilla. Fue entonces cuando encontraron el caso de un trabajador rural de 63 años de Assis, internado en el Hospital de Clínicas el 10 de diciembre de 2019 y fallecido dos días después.
En ambos casos, los investigadores observaron alteraciones en la proteína de unión del virus con la célula humana. Los análisis filogenéticos, que permiten reconstruir la historia evolutiva del virus, indicaron que el patógeno circula desde hace décadas en Brasil y probablemente no sea una introducción reciente.
“Probablemente hubo otros casos en el pasado que no fueron identificados. Es importante conocer el virus, desarrollar las pruebas y estudiar las alteraciones que ocurren en su genoma para anticiparnos a futuros nuevos casos e incluso a brotes de la enfermedad”, advierte Sabino.
Todavía no se conoce la especie que sirve de reservorio para el virus, pero se cree que son roedores silvestres. Las infecciones ocurrieron en áreas rurales, donde puede haber interacción entre animales salvajes y seres humanos.
“En este contexto, los enfoques metagenómicos han demostrado ser herramientas esenciales para la detección de patógenos raros o inesperados, especialmente cuando las pruebas diagnósticas dirigidas fallan. Esta estrategia fue fundamental tanto para la identificación de casos fatales de Sabiá en humanos como en animales silvestres, y destaca el papel esencial de la vigilancia genómica en la detección de riesgos para la salud pública”, afirma Faria, citando como ejemplo un estudio reciente del grupo sobre la evolución y la dinámica de transmisión de la fiebre amarilla en Brasil.
El virus Sabiá es considerado uno de los virus brasileños con mayor riesgo de transmisión por aerosoles en ambiente de laboratorio, lo que exige el máximo nivel de bioseguridad para manipularlo, algo aún inexistente en América del Sur.
Está prevista para 2030 la inauguración del primer laboratorio del país que podría almacenar y manipular el virus activo, el Orion, que está siendo construido en el Centro Nacional de Investigación en Energía y Materiales (CNPEM), en Campinas. Actualmente, la cepa de referencia del virus Sabiá se encuentra almacenada en Estados Unidos (lea más en: agencia.fapesp.br/52225).
El artículo Genomic characterization of Sabiá virus in Brazil, 2019-2020: Implications for diagnostics, virus evolution, and receptor binding puede leerse en: journals.plos.org/plosntds/article?id=10.1371/journal.pntd.0014008.
Journal
PLOS Neglected Tropical Diseases
Article Title
Genomic characterization of Sabiá virus in Brazil, 2019–2020: Implications for diagnostics, virus evolution, and receptor binding
Article Publication Date
20-Feb-2026