L'IA et la numérisation transforment la lutte contre l'extinction mondiale, révèle un rapport historique

Marquant un tournant majeur depuis la publication du premier rapport « State of the World » de Kew il y a dix ans, le sixième rapport « State of the World’s Plants and Fungi », publié le 16 juin 2026, rassemble l’expertise de plus de 400 scientifiques issus de 40 pays afin d’examiner comment les nouvelles technologies transforment la course pour sauver la nature. Le rapport soutient que la technologie peut être l’alliée de la nature, avec les outils numériques mettant en évidence des lacunes critiques dans les connaissances scientifiques et les domaines où il est le plus urgent d’agir pour protéger les plantes et les champignons. 

Les plantes et les champignons sont à la base de toute vie sur Terre : ils régulent le climat, stockent le carbone et fournissent de la nourriture et des médicaments. Ce rapport met en garde contre le risque que, sans données fiables sur les espèces existantes, leur répartition mondiale et les impacts du changement climatique, les efforts de conservation négligent les espèces les plus vulnérables, et que des opportunités de développer de nouveaux médicaments et des cultures durables pour l’avenir soient perdues. 

Le professeur Alexandre Antonelli, directeur scientifique des RBG Kew, déclare: ‘Ce rapport offre un aperçu incroyablement riche et passionnant de l’avenir des plantes et des champignons. Les scientifiques, les professionnels et toute personne s’intéressant de près à la biodiversité disposent désormais de données et d’outils sans précédent pour apprendre et apporter leur contribution de manière plus rapide, plus efficace et plus percutante que jamais. La révolution numérique fait tomber les barrières de la distance physique et de l’accès, favorisant une collaboration plus équitable à un niveau véritablement mondial. Si la documentation et la protection de toute vie sur Terre restent des défis de taille, la numérisation et les technologies qui l’accompagnent me rendent de plus en plus optimiste quant à notre réussite.’ 

La technologie, alliée de la nature ?  

Malgré l’ampleur de la crise, le rapport met en évidence un tournant majeur, porté par les progrès rapides de l’intelligence artificielle, de la numérisation et du partage mondial des données. Depuis des siècles, les scientifiques du monde entier pressent, font sécher et étiquettent des plantes et des champignons récoltés aux quatre coins de la Terre, dans des endroits inaccessibles à la plupart d’entre nous. Jusqu’à présent. Grâce aux progrès technologiques, des millions de spécimens de plantes et de champignons conservés sont numérisés et analysés à une échelle sans précédent, ce qui permet aux chercheurs et chercheuses de comparer les échantillons à distance, de corriger les erreurs d’identification des espèces et de mettre au jour une biodiversité jusque-là cachée, transformant ainsi les efforts de conservation et offrant un espoir pour l’avenir. Par exemple : 

• Au Costa Rica, des chercheurs et chercheuses ont augmenté la diversité fongique connue du pays de près de 20 % en combinant des données publiées avec des collections numérisées, apportant ainsi de nouvelles perspectives sur la manière dont le climat influence la répartition des champignons et établissant des références essentielles pour les recherches futures. 

• L'IA est capable d'« apprendre » à identifier des plantes difficiles à classer, telles que les carex et les mousses des tourbières, qui présentent des caractéristiques distinctives microscopiques, aidant ainsi les taxonomistes à identifier plus rapidement les espèces et à repérer celles qui pourraient être nouvelles pour la science.  

• Des images prises avec un smartphone d’une plante inhabituelle ont été envoyées aux scientifiques de Kew par des scientifiques travaillant dans les tourbières de la République du Congo. Celles-ci indiquaient qu’il pourrait s’agir d’une nouvelle espèce du genre Sabicea. L’imagerie numérique et la collaboration en temps réel peuvent faciliter la description de nouvelles espèces lorsqu’elles sont associées à des spécimens physiques et numérisés, en particulier dans les régions reculées ou peu étudiées. 

• Des scientifiques de la Millennium Seed Bank de Kew et du Morton Arboretum (États-Unis) ont démontré que les données numérisées sur le lieu et la méthode de collecte des graines peuvent être utilisées pour estimer la diversité génétique conservée dans les banques de graines, aidant ainsi les expert(e)s à prendre des décisions mieux informées concernant la restauration des habitats et la réintroduction d’espèces végétales menacées dans la nature. 

Un record de numérisation 

Ce rapport paraît alors que Kew achève un projet novateur, financé principalement par le gouvernement britannique par l’intermédiaire du Defra, visant à numériser l’ensemble des 7,4 millions de spécimens d’herbier et de fongarium de ses collections. Si l’on alignait bout à bout toutes les images de ces spécimens, elles s’étendraient sur près de 3 000 km – une distance suffisante pour relier Kew à l’est du Canada. Ce qui émerge des étageres et des boîtes où sont stockés les specimens est extraordinaire : des espèces nouvelles pour la science, une nouvelle compréhension du passé, des traces du changement climatique cachées dans des fleurs pressées il y a un siècle, et bien plus encore. La numérisation nous aide à découvrir de nouvelles formes de vie, à comprendre les extinctions, à suivre les changements, à mettre en valeur les collections, à partager les connaissances plus équitablement et à cerner plus clairement les défis, ce qui nous aide à trouver de nouvelles solutions pour protéger et comprendre la vie sur Terre. Cette nouvelle ressource en ligne offre aux scientifiques, aux responsables politiques et aux personnes défendant l’environnement du monde entier un accès gratuit à l’une des ressources botaniques et fongiques les plus complètes au monde. 

Mary Creagh, ministre chargée de la Nature au Defra, déclare: ‘Ce fut un honneur d’avoir été invitée à photographier le dernier spécimen à numériser de l’extraordinaire collection de l’herbier et du fungarium de Kew, qui compte 7,4 millions de spécimens. Rendre toutes ces données importantes accessibles à l’échelle mondiale n’est pas seulement une avancée scientifique majeure, mais cela ouvre également les portes sur un véritable trésor de connaissances utiles. Avec le soutien du Defra, ce type de transformation numérique met des données essentielles sur la biodiversité à la disposition des chercheurs et chercheuses, des responsables politiques et des conservationnistes partout dans le monde, nous aidant ainsi à agir plus rapidement et plus équitablement pour protéger la nature, nous adapter au changement climatique et développer des moyens de subsistance durables. En cette décennie cruciale pour enrayer et inverser la crise de la biodiversité, il est essentiel de tirer parti d’outils tels que l’IA et la numérisation pour nous aider à préserver les espèces, à soutenir les communautés locales et à respecter nos engagements environnementaux.’ 

Le vent est en train de tourner après plus de 400 ans d’inégalités dans le domaine scientifique.  

Si les nouvelles technologies ouvrent des perspectives sans précédent, le rapport souligne que d’importantes lacunes dans les données mondiales sur la biodiversité continuent de freiner l’action internationale.  

Malgré des efforts internationaux croissants, moins de 16 % des spécimens d’herbiers du monde ont à ce jour été mis à disposition sous forme numérique1, ce qui laisse d’énormes lacunes dans notre compréhension. Ces lacunes sont particulièrement prononcées dans certaines régions du Sud, où se trouvent des herbiers « silencieux », peu connus et sous-numérisés, ce qui fausse les modèles de la biodiversité mondiale et les prévisions climatiques, conduisant à prendre des décisions en matière de conservation sur la base d’informations incomplètes ou biaisées. Au Honduras, les registres numérisés des herbiers ont révélé qu’environ 33 % de l’ensemble des espèces répertoriées dans les zones protégées étaient absentes des plans de gestion de la conservation, tandis que des collections mal connectées dans des pays comme le Nigeria restent largement invisibles pour la science mondiale de la biodiversité, bien qu’elles détiennent des informations d’une importance vitale. 

Cependant, des investissements bien ciblés peuvent faire la différence. Par exemple, le projet « Today’s Flora for Tomorrow » a numérisé 37 000 spécimens provenant de Madagascar, contribuant ainsi à garantir que les scientifiques malgaches puissent accéder à ces spécimens de plantes et de champignons ainsi qu’aux données associées, et les utiliser pour comprendre et préserver la riche biodiversité de Madagascar. 

Les nouvelles technologies peuvent également contribuer à relocaliser pouvoir, reconnaissance et capacités scientifiques dans les pays d’origine des specimens, et, pour la première fois dans l’histoire moderne, de nombreux holotypes (le spécimen de référence original utilisé pour nommer scientifiquement une espèce pour la première fois) restent dans les pays où ils ont été collectés. Le rapport révèle que la distance moyenne entre le lieu de collecte d’un spécimen holotype et l’herbier où il est désormais conservé a diminué de 70 %, passant de près de 9 000 km au début du XIXe siècle à 2 654 km au début du XXIe siècle. La numérisation des collections met également en lumière les contributions méconnues de collectionneurs souvent ignorés, notamment celles des femmes à la science mycologique du XXe siècle, des soldats de la Première Guerre mondiale qui collectaient des plantes sur le front, des citoyens scientifiques et des communautés autochtones. La numérisation des collections ethnobotaniques2 a révélé des usages peu connus, préservé les savoirs traditionnels, reconnecté les communautés à leur passé et favorise les études collaboratives et interculturelles. 

Landy Rajaovelona, botaniste senior à Kew Madagascar, déclare : ‘Madagascar est l’un des centres de biodiversité les plus extraordinaires au monde, mais bon nombre de ses espèces végétales et fongiques restent encore inconnues, peu étudiées et pourtant de plus en plus menacées. En numérisant nos collections physiques, nous dévoilons un trésor de connaissances s'étendant sur plusieurs siècles, offrant des informations inestimables sur la biodiversité actuelle. En commençant par les taxons étudiés par la nouvelle génération de scientifiques malgaches, nous accélérons l'évaluation des risques d'extinction et renforçons la base scientifique nécessaire à une conservation efficace.  

‘Ce travail, mené en collaboration avec le Parc botanique et zoologique de Tsimbazaza (PBZT) pour le compte de l’herbier TAN, transforme les archives sur la biodiversité en ressources numériques accessibles. Nous prenons des mesures concrètes pour évaluer les risques d’extinction, assurer une conservation efficace et former la prochaine génération de scientifiques malgaches. Et en rendant les données sur la biodiversité plus accessibles aux experts locaux et internationaux, tels que les chercheurs et chercheuses, les personnes décisionnaires et les conservationnistes, nous pouvons contribuer à garantir que les plantes uniques de Madagascar continuent d’inspirer la découverte, de soutenir les moyens de subsistance et de maintenir des écosystèmes sains pour les générations à venir.’ 

L’ampleur réelle de l’extinction a été sous-estimée 

29 748 espèces de plantes et 411 espèces de champignons sont aujourd'hui menacées d'extinction, alors que seule une fraction des espèces connues a fait l'objet d'une évaluation (18 % des plantes et 0,6 % des champignons). Moins de 1 000 espèces végétales ont été officiellement déclarées éteintes ; beaucoup d'autres ont probablement disparu. Par conséquent, l'ampleur réelle des extinctions a probablement été sous-estimée. 

 Le défi est d'autant plus grand que plus de 100 000 espèces végétales et plus de 2 millions d'espèces fongiques sont encore inconnues de la science (moins de 10 % de la diversité fongique a été décrite à ce jour), dont beaucoup pourraient disparaître avant d'avoir été nommées et étudiées. Plus de 4 600 espèces végétales et 7 800 espèces fongiques ont été désignées comme nouvelles pour la science en 2024 et 2025 (dont Purpureocillium atlanticum, un champignon découvert dans la forêt atlantique brésilienne, jaillissant d’une mygale fouisseuse noire qu’il avait infectée et consommée). Cependant, le processus de désignation d’une espèce comme nouvelle pour la science peut être très lent, comme l’illustre le palmier fantôme de Bornéo (Plectocomiopsis hantu), qui a été nommé 92 ans après sa première collecte. De plus, le rythme auquel de nouvelles espèces végétales sont nommées est resté constant depuis des décennies, et bien que ce rythme soit plus élevé pour les champignons, nous n'en sommes encore qu'au tout début. Les scientifiques avertissent que le rythme doit s'accélérer, car la taxonomie est désormais engagée dans une course contre l'extinction. La numérisation et les modèles mathématiques peuvent contribuer de manière significative à accélérer la dénomination des nouvelles espèces et les évaluations du risque d’extinction. 

Le rapport reconnaît également la nécessité de repenser en profondeur la manière dont l’extinction est évaluée, soulignant que les approches traditionnelles – qui classent les espèces soit comme vivantes, soit comme éteintes – ne reflètent pas la réalité. Dans la pratique, l’extinction est souvent incertaine, de nombreuses espèces étant rares, mal répertoriées ou insuffisamment étudiées, ce qui rend leur disparition difficile à prouver. Par conséquent, la « perte inconnue de biodiversité » – la perte non répertoriée d’espèces connues et inconnues – constitue une lacune importante dans les connaissances (appelée « déficit de Katuš ») et un angle mort dangereux pour la conservation.  

Pour y remédier, les scientifiques proposent d’utiliser des modèles probabilistes, en s’appuyant sur des registres d’herbiers numérisés, des historiques d’observations et des modèles statistiques afin d’estimer si une espèce est véritablement éteinte ou simplement non détectée. Ces approches sont déjà largement utilisées dans la conservation des animaux, mais elles ne commencent que depuis peu à être appliquées aux plantes et aux champignons, avec le potentiel de révéler un écart important entre les extinctions réelles et celles qui sont documentées. Elles peuvent également être utilisées pour prédire la probabilité que des espèces et des populations s'éteignent à l'avenir, ce qui aide à cibler les efforts de conservation. 

Le changement climatique modifie le rythme de la nature de manière complexe et imprévisible.  

La numérisation des spécimens d’herbier a également permis de mener de nouvelles recherches dans les régions tropicales et l’Arctique, zones peu étudiées en raison principalement de difficultés logistiques. La première étude mondiale exhaustive sur les périodes de floraison, qui a utilisé l’intelligence artificielle pour analyser huit millions de spécimens d’herbier numérisés, révèle que la floraison s’est décalée en moyenne de 2,5 jours par décennie au cours du siècle dernier. Ces changements ne sont pas uniformes, la floraison ayant lieu plus tôt ou plus tard selon les endroits, ce qui montre que le changement climatique modifie le rythme de la nature de manière complexe et imprévisible. Dans certaines régions, ces décalages semblent être dus non seulement à la température, mais aussi à la perturbation des régimes pluviométriques. La durée et la synchronisation des saisons de floraison sont également affectées, perturbant les relations établies de longue date entre les plantes et les pollinisateurs. Par exemple : 

•    Dans les Ghâts occidentaux en Inde, un arbre forestier important (Terminalia paniculata) a montré un déclin marqué de la synchronisation de sa floraison, passant de 79 % dans les années 1950 à 47 % dans les années 1990, menaçant les pollinisateurs et la stabilité de l’écosystème au sens large.  

•    Dans l’Arctique canadien, les périodes de floraison varient de manière irrégulière d’une espèce à l’autre, et la saison de floraison s’écourte. Ces changements, apparemment mineurs, peuvent avoir des conséquences majeures à l’échelle mondiale. 

Une révolution génomique dans le domaine des champignons 

Pour la première fois, des scientifiques parviennent à obtenir des génomes de haute qualité (comparables à ceux obtenus à partir de matériel frais) à partir de spécimens très anciens, dont certains datent de près de 180 ans. En déchiffrant efficacement ces génomes figés dans le temps, cette avancée révolutionnaire permet d’exploiter des spécimens conservés depuis des siècles dans les mycothèques du monde entier, faisant ainsi des spécimens historiques de ces mycothèques une mine d’or génomique pour la mise au point de nouveaux médicaments, la protection des cultures et la prévision des épidémies.  

Alors que plus de 90 % des espèces fongiques restent inconnues de la science, cette capacité à percer les secrets des espèces connues pourrait transformer notre compréhension de l’un des règnes les plus importants du vivant et déboucher sur une multitude de nouvelles applications. Cette avancée sous-tend également une ambition bien plus vaste, puisque Kew, en collaboration avec des partenaires britanniques, s’est lancé dans un projet visant à créer la plus grande bibliothèque de génomes fongiques au monde. Ce projet vise à séquencer des milliers d'espèces, dont beaucoup sont rares, éteintes à l'état sauvage ou n'ont jamais fait l'objet d'un prélèvement pour le séquençage de leur ADN. 

Irina Druzhinina, responsable senior de recherche en diversité et systématique fongiques aux RBG Kew, déclare : ‘La taxonomie fongique reste l'une des frontières de découverte les plus passionnantes de la science, même si elle est peut-être aussi la plus intimidante à laquelle nous sommes confrontés.’ 

Un appel à la collaboration mondiale 

Le rapport conclut que l'amélioration, la mise en réseau et le partage des données sur la biodiversité à l'échelle mondiale constituent l'un des moyens les plus rapides et les plus rentables de renforcer les efforts de conservation. La mise en réseau numérique des herbiers, des banques de graines et des plans de gestion peut considérablement améliorer les résultats en matière de conservation et permettre une action plus rapide et mieux ciblée pour prévenir les extinctions. L’infrastructure numérique de biodiversité hautement coordonnée du Brésil, qui relie les bases de données de spécimens, les herbiers virtuels, les ressources taxonomiques et les outils de conservation, illustre comment des données mieux connectées peuvent conduire à une action plus rapide et plus efficace, identifier rapidement les lacunes en matière de biodiversité et mettre au jour des espèces négligées. 

Cependant, le rapport souligne qu’il est essentiel que ce partage soit équitable. La numérisation et l’IA pourraient amplifier les erreurs, les biais et les inégalités existants si les données sous-jacentes ne sont pas enrichies et améliorées ; il existe donc un besoin crucial de pratiques standardisées, d’une meilleure formation et d’une action internationale coordonnée.  

Comme le dit Martin Cheek, chercheur aux RBG Kew: ‘le potentiel de l’IA est énorme, mais il ne s’agit pour l’instant que d’un potentiel.’  

Le rapport appelle donc à la création de nouveaux partenariats entre le secteur technologique et les organisations environnementales, tout en exhortant les gouvernements et les bailleurs de fonds à investir dans les collections ne disposant pas de ressources suffisantes. En travaillant ensemble, nous pouvons collectivement accélérer notre compréhension de la biodiversité, prévenir sa perte et guider son rétablissement.  

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